Агенты секретной организации «ГОН» случайно натыкаются на старинный архивный файл под загадочным названием «Проект Тень», который кардинально меняет их восприятие реальности. В файле они находят информацию о Шэдоу, гибриде ежа и инопланетного существа BlackArms, созданного доктором Роботником по образцу космического лидера Блэка Дума. Первоначально задуманный как ключ к созданию лекарства от смертельных болезней, Шэдоу с невероятной силой и самоуверенностью быстро превращается в угрожающий фактор для всего человечества. Осознав его опасность, правительство помещает Шэдоу в стазисную капсулу, где он остается на протяжении полувека. Когда капсула открывается, мир сталкивается с черно-красным ежом, темной версией Соника, готовым доказать своё превосходство и стать настоящей угрозой для человечества.